Kafes kuşlarında da memeli hayvanlarda olduğu gibi birçok iç ve dış parazit hastalıklara sebep olur. Bağırsak kurtları gibi iç parazitler veya kene gibi dış parazitler kuşlarda da görülü
Halkalı (yuvarlak) kurtlar (Nematodlar): Hemen hemen tüm organ sistemlerinde yerleşebilirler, en çok da sindirim sistemine. Hastalık, parazit yumurtalarının bulunduğu yiyecek maddeleri, su ve kafes içindeki oyuncak v.s. ile ağız yolundan vücuduna girer. Yumurtadan çıkan larvalar zamanla gelişerek parazitlere dönüşür. Bu parazitlerin ürettiği yumurtalar ise dışkı ile dışarı atılarak çevreye yayılır. Bu yumurtaların tekrar alınması ile hastalık sürekli bir çember çizerek ilerler ve diğer kuşlara da bulaşır. Vücudunda çok miktarda parazit olan kuşlarda gelişme bozuklukları, ishal ve besin maddelerinden yararlanamamaya bağlı belirtiler görülür. Hastalığın teşhisi için gaita muayenesi yapılır. Kafesin hijyeni ve su, yem kabı, oyuncak gibi kuşun ağzı ile temas eden materyallerin temiz tutulması koruyucu önlem olarak önemlidir.
Yassı kurtlar ve şeritler (trematodlar ve sestodlar): Bu parazitler gelişme dönemlerinde arakonakçı olarak başka canlıları kullandıkları için daha çok doğal ortamda kurt ve küçük yılanlarla beslenen kuşlarda risk oluşturur. Arakonakçı olan diğer hayvanlar yumurtaları ağız yoluyla alırlar ve kuşlar da bu hayvanları yiyerek paraziti alır. Teşhis ve tedavisi gaita muayenesi ve parazitin tipinin belirlenmesi ile yapılır.
Protozoalar: Bu gruptaki parazitler koksidiya, giardia, ve kriptosporidiya türlerinden oluşur. Bunların ilk ikisi kanlı dışkı ve ishale neden olurlar. Taze gaitada yapılan mikroskobik muayene ile bunlar tespit edilip uygun ilaçlarla tedavi edilebilirler. Kriptosporidiya, şiddetli ishal, burun akıntısı, sinüzit ve öksürük gibi belirtilere yol açar. Bu son parazit tipinin ne yazık ki çok etkin bir tedavisi mümkün değildir.
Dış parazitler (artropodlar): Bunlar, kene ve bit gibi deri ve tüylerde yerleşen eklem bacaklı küçük parazitlerdir. Bazıları nadiren solunum sistemine de yerleşebilir. Kimileri tüm yaşamlarını kuşun üzerinde geçirirken, kimileri bir süre kalır ve sonra çevrede yaşamaya devam ederler. Bazılarını çıplak gözle görmek mümkün. Kaşıntı, tüy yolma, tüy dökülmesi, tüylerin zayıflaması ve deri problemleri gibi belirtilere yol açarlar.
